В пещере встречаются позвоночные трех групп: рыбы, летучие мыши и грызуны.
Большая часть имеющейся информации получена неспециалистами и поэтому весьма неточна. Она касается животных, обнаружение которых не требует специальных методов. Лишь в 2002 г. Биологи ПГУ и Института экологии и генетики микроорганизмов Н.Н. и Н.В. Паньковы и Е.Ю.Крайнев, обследуя пещеру в целях изучения фауны в пределах экскурсионного маршрута, применили используемые в гидробиологии специальные методики сбора материала, что принесло хорошие результаты. Найденные беспозвоночные относятся к двум типам: Nemathelminthes (Круглые черви) и Arthropoda (Членистоногие).
Ногохвостки
Примитивные первичнобескрылые насекомые мелких размеров, имеющие длину 0,2- 0,5 мм. Ногохвостки входят в число постоянных обитателей Кунгурской пещеры. Они живут на поверхности глины, между камнями и на поверхностной пленке воды, собирая с нее частицы детрита. Изредка наблюдаются вспышки численности ногохвосток, которые связываются со значительным поступлением в пещеру органических веществ. Способ и время проникновения ногохвосток в пещеру остаются неясными.Встречающиеся в пещере плесени и грибы относятся к трем группам настоящих грибов: гифомицеты, зигомицеты и базидиомицеты.
В Кунгурской Ледяной пещере зеленые растения встречаются только возле прожекторов. В гроте Длинный, В проходе между гротами Метеорный и Коралловый произрастают небольшие популяции мха Pohlia wachlenberi (определение А. Безгодова). По данным Е.П. Дорофеева, в 1980-е годы в озере грота Атлантида у подводного прожектора активно росли зеленые нитчатые водоросли.