В пещере встречаются позвоночные трех групп: рыбы, летучие мыши и грызуны.
Большая часть имеющейся информации получена неспециалистами и поэтому весьма неточна. Она касается животных, обнаружение которых не требует специальных методов. Лишь в 2002 г. Биологи ПГУ и Института экологии и генетики микроорганизмов Н.Н. и Н.В. Паньковы и Е.Ю.Крайнев, обследуя пещеру в целях изучения фауны в пределах экскурсионного маршрута, применили используемые в гидробиологии специальные методики сбора материала, что принесло хорошие результаты. Найденные беспозвоночные относятся к двум типам: Nemathelminthes (Круглые черви) и Arthropoda (Членистоногие).
- Нематоды
- Остракоды (ракушковые раки)
- Крангониксы
- Ногохвостки
- Жуки-прицепыши
- Комары-лимонииды
- Комары-звонцы (хирономиды)
Неидентифицированные насекомые
В литературе о жизни в Кунгурской пещере часто упоминается о нахождении в ней каких-то мух с удлиненным оранжевым брюшком. Указанной характеристики недостаточно, чтобы установить их систематическое положение.
Таким образом, к настоящему времени в Кунгурской пещере несомненным троглобионтом является С.chlebnikovi, троглофилами - комары семейства Limoniidae, троглоксенами - личинки комаров-звонцов и жуков-прицепышей. Статус прочих форм нуждается в специальном изучении.
Все новые для пещеры формы обнаружены в бентосе подземного озера в гроте Дружбы Народов, где использованы методы их поиска, ранее в пещере не применявшиеся.
Обитаемой оказалась только центральная часть озера, в то время как в прибрежной полосе животные не были найдены. Дно в центральной части озера покрыто глинистыми отложениями, в которых происходит аккумуляция детрита, главным образом, полуразложившихся растительных фрагментов, могущих служить пищей гидробионтам. В прибрежной полосе, заваленной обломочным материалом, детрита практически нет. Приведенные сведения, основанные на однократном сборе материала, следует рассматривать как, предварительные.
Встречающиеся в пещере плесени и грибы относятся к трем группам настоящих грибов: гифомицеты, зигомицеты и базидиомицеты.
В Кунгурской Ледяной пещере зеленые растения встречаются только возле прожекторов. В гроте Длинный, В проходе между гротами Метеорный и Коралловый произрастают небольшие популяции мха Pohlia wachlenberi (определение А. Безгодова). По данным Е.П. Дорофеева, в 1980-е годы в озере грота Атлантида у подводного прожектора активно росли зеленые нитчатые водоросли.